Development and Characterization of Reference Materials for Genetic Testing: Focus on Public Partnerships

Characterized reference materials (RMs) are needed for clinical laboratory test development and validation, quality control procedures, and proficiency testing to assure their quality. In this article, we review the development and characterization of RMs for clinical molecular genetic tests. We describe various types of RMs and how to access and utilize them, especially focusing on the Genetic Testing Reference Materials Coordination Program (Get-RM) and the Genome in a Bottle (GIAB) Consortium. This review also reinforces the need for collaborative efforts in the clinical genetic testing community to develop additional RMs.

VSQual: a visual system to assist DNA sequencing quality control

A lack of pliant software tools that support small- to medium-scale DNA sequencing efforts is a major hindrance for recording and using laboratory workflow information to monitor the overall quality of data production. Here we describe VSQual, a set of Perl programs intended to provide simple and powerful tools to check several quality features of the sequencing data generated by automated DNA sequencing machines. The core program of VSQual is a flexible Perl-based pipeline, designed to be accessible and useful for both programmers and non-programmers. This pipeline directs the processing steps and can be easily customized for laboratory needs. Basically, the raw DNA sequencing trace files are processed by Phred and Cross_match, then the outputs are parsed, reformatted into Web-based graphical reports, and added to a Web site structure. The result is a set of real time sequencing reports easily accessible and understood by common laboratory people. These reports facilitate the monitoring of DNA sequencing as well as the management of laboratory workflow, significantly reducing operational costs and ensuring high quality and scientifically reliable results.

Evaluation of window cohabitation of DNA sequencing errors and lowest PHRED quality values

When analyzing sequencing reads, it is important to distinguish between putative correct and wrong bases. An open question is how a PHRED quality value is capable of identifying the miscalled bases and if there is a quality cutoff that allows mapping of most errors. Considering the fact that a low quality value does not necessarily indicate a miscalled position, we decided to investigate if window-based analyses of quality values might better predict errors. There are many reasons to look for a perfect window in DNA sequences, such as when using SAGE technique, looking for BLAST seeding and clustering sequences. Thus, we set out to find a quality cutoff value that would distinguish non-perfect windows from perfect ones. We produced and compared 846 reads of pUC18 with the published pUC consensus, by local alignment. We then generated a database containing all mismatches, insertions and gaps in order to map real perfect windows. An investigation was made to find the potential to predict perfect windows when all bases in the window show quality values over a given cutoff. We conclude that, in window-based applications, a PHRED quality value cutoff of 7 masks most of the errors without masking real correct windows. We suggest that the putative wrong bases be indicated in lower case, increasing the information on the sequence databases without increasing the size the files.

Análisis de 9 lici STR en la población mestiza de La Paz para la identificación de individuos / Analysis of 9 loci STR in the mestizo population of la paz for the identification of individuals

Pregunta de investigación. ¿Es posible obtener estadisticas poblacionales en la población mestiza de La Paz de 9 loci STRs, comúnmenteempleados para la identificación de individuos?.Objetivo. Obtener la estadisticos poblacionales en la población mestiza de La Paz de 9 citos STRs (D7S820, D13S317, D16S539, CSF1PO, TPOX, THO1, Vwa, F13A01, FESFPS), comúnmente empleados para la identificación de individuos. Diseño. Estudio poblacional descriptivo. Métodos: Se analizó la frecuencia alélica de 9 loci STRs en una muesta de 81 individuos de la población mestiza de La Paz, Bolivia. Posteriormente a la firma del consentimiento se extrajo DNA de sangre o saliva que fue sujeto a la amplificación por 3 Multiplex PCR, cuyos producatos fueron visualizados por electroforesis en geles de poliacrilamida desnaturalizante con tinción nitrato de plato. La obtención de los estadísticos poblacionales se realizó con el programa Power Stat. Resultados y conclusiones: La frecuencia alélicas obtenidad para la población mestiza de La Paz presentan valores diferenciantes a los de otras poblaciones, existiendo alelos característicos de esta población que pueden servir como marcadores poblacionales. la frecuencia alélica reportadas en el presente estudio pueden ser empleadas para el cálculo de otros estaditcos poblacionales que dan solidez en corete judicial a las pruebas de identificación de individuos.

Probabilidad de coincidencia genética entre individuos y estimación de la frecuencia alelica poblacional para la tipificaicón de DNA en trabajo forense / Probability of genetic coincidence between individuals and estiamtion of the alelic poblational frecuency for the DNA typification in forensic work

Este documento contiene información relacionada a la objetividad con la que se deben presentar resultados cuantitativos en el trabajo forense. Gracias a la identidad que porta cada individuo en su genoma las técnicas de biología molecular para la tipificación de material genético pueden utilizrse para relacionar a uno o varios sujetos con la escena de un crimen. Se argumenta porqué desde la perspectiva jurídica y policial para establecer indicios de culpabilidad y/o la condena de una persona sospechosa no es suficiente determinar que dos muestras de ácido desoxirribonucleico (DNA) coincidan genéticamente. De igual manera, se describe en detalle como mediante metodologia de análisis de probabilidad se establece de manera no sesgada si un individuo inclupado coincide genéticamente con la muestra obtenida en el lugar de los hechos o puede ser excluido como sospechoso. Para ña determinación de identidad genética es necesario contar con una base de datos que documenta la frecuencia de alelos que se estudian en una población determinada. Si dichos registros no existen entonces la tipificación de DNA para el trabajo forense debe ir precedida de una estimación dioestadística de la frecuencia alélica poblacional. En Bolivia la evidencia basada enla tipificación de DNA está cobrando insitente atractivo como fuente de información para dilucidad la inclusión o exclusión de personas sospechosas en casos criminales. A pesar que la técnicca molecular se ha citado públicamente en muchos casos recientes a nivel nacional, los comentarios y las opiniones vertidas al respecto por la mayoria de las personas involucradas del ámbito médico-legal-policiaco, estamento político y los medios de comunicación, conllevan a pesar que se desconocen los preceptos cientificos en los que se sustenta la tipificación de DNA en trabajo forense.(au)